Do những đặc điểm hình thái, việc phân loại aye-aye từng có vấn đề không thống nhất lúc mới phát hiện. Bộ răng cửa mọc dài vĩnh viễn tương tự của động vật gậm nhấm, đã khiến những nhà tự nhiên học phân loại sai aye-aye như một loài thuộc bộ Gậm nhấm.[7] Tuy nhiên, aye-aye cũng có nét tương tự các loài họ Mèo (hình dạng đầu, mắt, tai, và lỗ mũi).[8]

Vị trí của aye-aye trong bộ Linh trưởng cũng không chắc chắn. Nó từng được xem là một thành viên của họ Indridae, một họ cơ sở của phân bộ Strepsirrhini.[9] Năm 1931, Anthony và Coupin xếp aye-aye vào phân thứ bộ Chiromyiformes, một nhóm chị em với các loài Strepsirrhini khác. Colin Groves ủng họ phân loại này năm 2005 vì ông cho rằng aye-aye tạo nên một nhánh với các loài vượn cáo còn lại của Madagascar,[10] nghiên cứu di truyền đã cho thấy Daubentoniidae là một nhóm cơ sở cho toàn Lemuriformes,[9] và tất cả vượn cáo xuất phát từ một tổ tiên chung trôi dạt đến Madagascar vào khoảng Paleocene hay Eocene. Năm 2008, Russell Mittermeier, Colin Groves, và đồng nghiên cùng nhau phân loại và định nghĩa bộ Vượn cáo là một nhóm đơn ngành và có năm họ còn tồn tại đến nay, gồm cả Daubentoniidae. [11]